Перун е едно от най-могъщите божества в славянската митология, сътворител на гръмотевицата и светкавицата, носител на бури и дъжд, закрилник на бойците и предводител на отрядите по време на битка. Почти навсякъде Перун е върховен бог.
Именно на славянския бог Перун носи името и отборът от град Кресна, което организираното начало се свързва през 1978 година.
Това става по настояване на тогавашните окръжни органи на спорта в Благоевград. Мотивът е, че кресненският Пирин дублира имената на съимениците си от Благоевград и Разлог и така след смяна на две букви в името от Пирин новият отбор започва да се нарича Перун. Негов кръстник е Борис Сандански.
Първи успехи на новия отбор
Първите по-сериозни успехи са свързани с името на Стоян Керемедчиев, който поема тима в ролята на старши треньор за сезон 1979/1980. По това време отборът мери сили с вече утвърдените Пирин Гоце Делчев, Септември Симитли, Пирин Разлог, Банско, Хаджидимово, Крупник, Коларово, Марикостиново и други.
Перун обаче се оказва непреодолим съперник и води битка за първото място с Пирин (Гоце Делчев). През сезона кресненци постигат впечатляващи победи, като 9:0 над Пирин Разлог у дома и 2:0 като гост, 3:0 над Банско като гост.
В крайна сметка Перун остава на второ място, а победител е именно Пирин (Гоце Делчев).
В ново време: Историческо 2 място
В по-новата си история през сезон 2008/2009 Перун печели Областна група Благоевград, след което печели и областния финал срещу Миньор (Елешница) с 2:1 Така от есента на 2009 година отборът е част от Югозападната Трета лига, като през този сезон завършва на 7 място.
На следващия сезон 2010/2011 тимът от Кресна се представя още по-добре – 4 място в крайното класиране със 79 точки.
Обединение с Пирин (Благоевград)
И следва най-доброто класиране до момента – 2 място през следващия сезон 2011/2012. Отборът е с 89 точки, само на 4 от победителя Пирин (Разлог), който получава право да играе във Втора лига. През пролетта на 2012 година обаче финансовите проблеми надделяват и тимът от Кресна дава своя лиценз на изпитващия тотални затруднения благоевградски Пирин.
След изключително заплетени пререгистрации и прехвърляне на лицензи, на практика през сезон 2012/2013 Перун отново е в Югозападната Трета лига, като в края на първенството завършва на 7 място.
Ново обединение, този път със Септември (Симитли)
На 7 август 2013 Септември (Симитли), 13-ти в „Б“ група през изминалия сезон и изпаднал в групата се отказва от участие. На практика ръководството и голяма част от футболистите на отбора преминават в Перун (Кресна). Отборът на Перун също така играе домакинските си мачове на стадион „Струма“ в Симитли, а футболистите му играят срещите си с екипа на Септември.
В края на сезон 2013/2014 Перун (Кресна) е на второ място със 70 точки, като единствено победителят Пирин (Благоевград) финишира пред него.
Влизане в „Б“ група, но… като Септември (Симитли)
В началото на новия сезон 2014/2015 Перун (Кресна) е допуснат до участие в „Б“ група – за да допълни групата.
На 26 юни обаче Перун (Кресна) се пререгистрира и променя седалището си, след което започва да се състезава като Септември (Симитли). Така на практика тимът с име – Септември (Симитли) стартира сезон 2014/2015, а Перун (Кресна) изчезва.
Слизане до областните групи
Така за началото на новия сезон 2015/2016 Перун (Кресна) се озовава в Областна група Благоевград, след като след пререгистрирането и преименуването на Септември (Симитли) губи мястото си.
Отново в Трета лига
След няколко сезона в областната група се стига до сезон 2018/2019, който Перун печели първото място.А впоследствие надделява в последния финален плейоф над ФК Кюстендил с 4:2 след дузпи в София (редовното време и продълженията завършват 0:0).
При дузпите Перун вкара всичките си наказателни удари, а ФК Кюстендил пропусна два. Агитка от повече от 300 привърженици подкрепя отбора от Кресна и създаде уникална латиноатмосфера с факли и пирошоу.
За сезон 2019/2020 целта на тима, поставена от ръководството, е запазване на мястото в дивизията и изграждане на добър състав, като с тази цел е назначен лицензираният треньор Атанас Николов. Повторният дебют в Югозападната Трета лига е пред пълния градски стадион в Кресна срещу Рилски спортист (Самоков) в мач, в който, окрилени от домакинската подкрепа, Перун не загуби (0:0).
Следва победа като гост над Ботев (Ихтиман) с 2:1, но след това тимът изпада в лоша серия от шест поредни загуби – срещу Сливнишки герой, Миньор, ФК Кюстендил, Оборище, Септември (Симитли) и Беласица.
Дъх надежда е мачът срещу Балкан (Ботевград), който Перун спечели с 2:1, но след това е ред на нови лоши резултати. В крайна сметка отборът остава на последното място с едва 7 точки от 18 мача. Но сезонът е прекратен заради пандемията от Ковид през пролетта на 2020 година.
Завръщане в Областната група
Заради прекратяването на сезона и това, че няма изпадащи, Перун запазва мястото си на Югозапад и за следващия сезон 2020/2021, но този път е предпоследен и изпада.
Така от сезон 2021/2022 и в следващите няколко сезона отборът от Кресна отново е в Областната група на Благоевград.
УСПЕХИ
2 място в Югозападна Трета лига – 2 пъти (сезон 2011/2012, 2013/2014)
